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Fate/stay night cuenta las vivencias de Shirō Emiya durante dos semanas, un muchacho que asiste a la escuela Homurabara Gakuen en la Ciudad Fuyuki.

Shirō perdió a su familia hace diez años en un enorme incendio que consumió casi toda la zona y en el que también él resultó envuelto. Cuando se da por vencido y acepta su propia muerte, un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugu Emiya, adopta a Shirō, y con el paso del tiempo, le revela su identidad como mago.