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En la historia, Taiga Kagami es un novato que acaba de entrar al Instituto Seirin, donde conoce a Tetsuya Kuroko, otro novato que se ha unido al club de baloncesto. Resulta que Kuroko era el sexto miembro del conocido equipo “Generación de los milagros” de la escuela secundaria Teiko, aunque nunca llegó a salir a la luz pese a que muchos de sus compañeros le consideraban el mejor.

Con el paso al instituto, cada uno de los miembros del equipo irá a instituto diferente, donde intentarán convertir a sus equipos al mejor de todos.