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Se centra en el conflicto interno de Okajima Rokuro. Éste es un ejecutivo de una empresa japonesa que es secuestrado por la organización Black Lagoon, y que decide pasarse a sus filas después de ver la humillación de sus jefes y el sistema al cual pertenece. Cerca de él se encuentra Rebeca, una joven china-americana muy buena con el manejo de armas pero bastante intolerante; ella protegerá a Rock a pesar de todos los sucesos que se presentan. Los acompañan Dutch, el jefe de Black Lagoon, y Benny, un experto en informática y sistemas de comunicación.