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La historia se centra en la escuela Shiomi Academy de gran prestigio conocida también como Daitoshokan (literalmente gran biblioteca) y que llega a rivalizar con la propia biblioteca nacional de Japón.

Como miembro del club de la biblioteca Kyotari Kakei (el protagonista del juego) pasa su tiempo leyendo libros en solitario, al pasar el tiempo el conoce a una chica llamada Tsugumi Shirasaki la cual, gracias a la ayuda de un nombrado “pastor” puede cumplir los deseos de la gente. Eventualmente gracias a este pastor, más chicas logran entrar en el club.