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Kaito Kuroba es un estudiante normal y corriente cuyo padre murió en circunstancias misteriosas ocho años antes. Ahora, Kaito es consciente de la verdadera identidad de su padre: Un famoso criminal internacional conocido como el Criminal Internacional 1412: Ladrón Fantasma. Su padre fue asesinado por una organización a la que se negó a ayudar a conseguir la Gema de Pandora, una piedra mística que se dice que derramará una “lágrima” cuando un cierto cometa pase cerca de la Tierra y que al consumirla proporcionará la vida eterna.

Kaito jura que impedirá que la organización consiga acceso a la inmortalidad y asume el rol de ladrón que antaño tuvo su padre para poder recuperar la gema. Sus únicas pistas sobre ella son que brilla en rojo bajo la Luna y que es doble: Es una gema dentro de una gema más grande. Así comienza a robar todo tipo de gemas de zonas muy bien protegidas, las pone a la luz de la luna llena, y si no son la Gema de Pandora, se las devuelve a sus dueños.